1) Zamek w Olsztynie
2) Zamek w Lidzbarku Warmińskim ( bez przedzamcza)
3) Pałac Dohnów w Morągu
4) Część ratusza w Szczytnie (1/23)
5) Budynek dawnego kościoła ewangelickiego w Barczewie
6) Willa i wozownia wraz z częścią parku przy ul. Metalowej w Olsztynie
7) Dom Gazety Olsztyńskiej w Olsztynie
8) Budynek Centralnego Magazynu Muzealiów w Olsztynie
Ponadto Muzeum Warmii i Mazur posiada w użytkowaniu część zamku w Reszlu (Galeria „Zamek”) oraz część ratusza w Mrągowie (Muzeum w Mrągowie).
Majątek Muzeum stanowią także muzealia - ponad 103 tysiące pozycji inwentarzowych.